《siwayouhuo》城市在恢复平静后大反派重新召集旧部卷土重来并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球忍者神龟莱昂纳多(皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰)、拉斐尔(阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰)、多纳泰罗(杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰)和米开朗基罗(诺尔·费舍 Noel Fisher 饰)与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔(梅根·福克斯 Megan Fox 饰)、韦恩·芬威克(威尔·阿奈特 Will Arnett 饰)及面具义警凯西·琼斯(斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰)并肩作战打击恶徒在史莱德(布莱恩·泰 Brian Tee 饰)逃脱拘留后他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼(泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰)及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合发布了一个控制世界的恶魔计划在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗神龟们面对的将是宇宙级的强大对手麦兜与吉仔自小认识且情谊深厚一天收到追杀令要杀掉之人竟然是麦大佬麦于情义两难下宁愿挨了吉仔一刀救回鸡眼标更背负了背叛之名与吉仔远走台湾到了台湾吉仔仍伺机东山再起反而麦兜往车行打工希望过回正常的生活 而鸡眼标虽然避过吉仔的追杀却被野心勃勃的大头仔杀死为免奸计被识破大头仔决定追到台湾誓要把吉仔与麦兜置之死地一场大战麦兜与吉仔二人并肩杀出围但已身受重伤幸好一架神秘货车赶至把二人救走二人庆幸之际却原来已堕进台湾著名黑帮唐非的阴谋一名逃犯杀死一名元帅并窃取他的身份为了生存他必须冷酷无情...